El vocero de la fuerza, Enrique Balbi, admitió que existieron. Los tripulantes intentaron comunicarse por teléfono satelital cuando la nave sufría problemas graves en medio del Atlántico.
El ministro de Defensa, Oscar Aguad, cree que la Armada Argentina escondió desde el día de la desaparición del submarino ARA San Juan, que esa nave alertó mediante 8 llamadas por teléfono satelital que sufría problemas graves en medio del océano. Recién 20 días después, la Armada confirmó que existieron. La embarcación cumplía una misión que había iniciado en el puerto de Ushuaia y que tenía como destino Mar del Plata.
La versión del Gobierno es que la Marina no entregó a tiempo información crucial que podría haber sido de gran ayuda a la búsqueda desde el inicio de la tragedia. Una de las 3 empresas que se encargaba de mantener el sistema de comunicaciones del submarino, Tecsa, señaló que el capitán de fragata y comandante del ARA San Juan, Martín Fernández, llamó al menos en 8 oportunidades a la base naval de Mar del Plata detallando sobre desperfectos.
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Dicha sede de la Marina retransmitió esos mensajes a la base de Puerto Belgrano, en el distrito de Coronel Rosales, donde se encuentra el Comando de Adiestramiento y Alistamiento. Sin embargo, en ningún lugar elevaron a sus superiores lo que sabían sobre ese buque pidiendo ayuda a la deriva.
Las comunicaciones suman en total 55 minutos. Fueron entre la 1:11 del 15 de noviembre y las 7:36 de ese mismo día. La llamada más larga supera los 13 minutos.